Di origine etrusca (ritrovate numerose tombe), secondo alcuni storici, prese il nome da Selva Carbonaria. Citato per la prima volta nel secolo X come feudo di Farfa, nel 1254 fu assoggettato a Viterbo. Passato definitivamente alla Chiesa nel sec. XV, nel 1630 fu eretto in principato da Urbano VIII per i Colonna di Palestrina. Passò poi ai Farnese e agli Sciarra.

Il palazzo baronale è una robusta e massiccia mole risalente al tardo Rinascimento, con resti di costruzioni medievali. La parrocchiale si presenta in veste neoclassica. Nei pressi del paese vi sono le chiese di Sant'Eutizio e di San Donato, ambedue di origine medievale. Molte altre chiese si possono incontrare nel centro del paese, come la seicentesca chiesa barocca di San Filippo Neri eretta nel 1636 da Orazio Giustiniani prete della congregazione divenuto poi cardinale, essa è la prima chiesa al mondo costruita in onore di San Filippo. Nella vallata che si adagia sotto il Castello Farmese, si erge solitaria la settecentesca Chiesa dedicata a Sant'Anna fatta costruire per volontà e con gli sforzi del popolo di Carbognano particolarmente devoto alla Santa. La chiesa di Santa Maria della Concezione è invece di epoca cinquecentesca, esse venne costruita per volere di Giulia Farnese signora di Carbognano, nel suo lungo periodo di residenza presso l'omonimo castello baronale. Riveste particolare importanza la Chiesa della Madonna della Valle che custodisce il prezioso affresco di Antonio del Massaro da Viterbo detto il Pastura, raffigurante la Madonna col Bambino.